由於病人刷牙時未有善用牙線、牙縫刷等清潔牙齒工具，牙齒之間容易積聚牙菌斑。若未及時處理，牙菌斑的細菌便會分泌毒素，刺激牙齒周邊組織，最後形成牙結石，導致牙齦炎和牙周病出現，令牙肉紅腫疼痛，容易流牙血，嚴重時會令牙槽骨萎縮，牙周囊袋變深、牙齒視覺上變幼，甚至鬆動脫落。

牙根整平術是以非手術的形式去治療牙周病，適用於初期的牙周病。牙醫先為病人進行局部麻醉，再以牙周專用器械深入到牙齦發炎的底部，把依附在牙齒表面及牙根位置的牙菌斑和牙結石刮除乾淨，亦可徹底清潔被污染的齒質和發炎的組織，讓牙齦內部恢復健康，並且打造乾淨光滑的牙根表面，日後牙菌斑和牙結石將較難堆積在牙根上。

如病人牙周病情況嚴重，牙周囊袋變大變深甚至有牙周萎縮的情況，代表牙齦與牙根分離的距離愈遠，牙齒很容易鬆動及移位，便需要接受牙周病手術。

牙醫會把小範圍地把牙齦翻開，讓牙齒露出牙根及齒槽骨，牙醫可以更清楚地視察牙齒的死角位置，有助徹底清潔牙根的牙菌斑和牙結石，同時修整牙槽骨的缺損。當手術完成後，牙周組織再次粘合及牙周袋會縮小，病人仍需定時回診檢查及洗牙，記錄牙周囊袋的深度，有助追蹤治療的成效。

牙托等同於活動式假牙，當中有分全口或局部式假牙，適用於牙齒缺失的病人。局部式的牙托設計是在牙托下加上金屬或其他物料的勾扣，扣住病人的真牙上，來固定牙托的位置；全口式的牙托則利用口腔肌肉，把牙托固定在頜骨上。這種方法不需進行手術，亦可隨時配戴及卸下。

如牙齒牙根尖部出現病變、牙根管阻塞、牙髓腔根部穿孔等情況，或是杜牙根後牙齒仍反覆發炎和感染，牙醫便會使用牙根尖切除術。原理是透過手術切除牙腳，以去除牙根受感染的壞死組織。

在過程中，牙醫會先為病人進行麻醉，使用手術器械翻開牙齦，即可見到牙根外層。定位後，牙醫會在顯微鏡的配合下，先移除受感染發炎的牙尖組織，再切除牙根尖，然後以超聲波器械從根尖逆向清潔根管，再以生物相容性高的填充物注入牙根端，阻止細菌由根管入侵至牙根周圍的組織。最後，牙醫會根據病人情況決定是否使用骨粉或骨膠原蛋白，再將傷口縫合便完成治療。

牙髓治療又稱為杜牙根，是一種專為嚴重蛀牙而設的牙齒治療。當蛀牙情況嚴重時，細菌深入至牙骨髓，會讓病人感到劇烈的痛楚，甚至影響口腔健康。這時候，牙醫便會使用杜牙根方式，為病人清除蛀牙牙髓內的感染，解決牙痛問題亦可同時保留牙齒。杜牙根方法也可阻止牙髓的細菌感染蔓延至牙周組織及牙槽骨，避免進一步的病變。

牙醫首先為病人進行X光影像檢查，確定牙髓感染的深入程度，再進行牙髓治療。治療會先為病人進行麻醉，再刮走移除已蛀的牙髓部份（包括血管、神經組織），接著清潔牙髓與根管，然後使用特殊物料進行牙根管填補，以徹底封閉牙根免得再次受感染發炎。最後再覆蓋上堅硬的牙冠，讓牙齒恢復原本的外形和咬合功能，亦可保護已變得脆弱的牙齒。